Történelmi gyűjtemény
A történelmi gyűjtemény jelenleg mintegy 9.600 tárgyat tartalmaz Zombor, Apatin, Kúla és Hódság 16. — 20. századi politikai–, társadalom–, gazdaság–, sport– és kultúrtörténetéből. A 20. század végén a tárgyakat az anyagfajták szerint 12 gyűjteménybe sorolták:
- Tárgyak gyűjteménye
- Fegyverek és katonai felszerelések gyűjteménye
- Érmék, rendek és emléktáblák gyűjteménye
- Térképek, tervek és dokumentumok gyűjteménye
- Pecsétek gyűjteménye
- Plakátok gyűjteménye
- Zászlók gyűjteménye
- Jelvények gyűjteménye
- Fotógyűjtemény
- Képeslapgyűjtemény
- Testnevelési Egyesületek Szövetsége gyűjtemény
- Hagyatékok gyűjteménye (sport)
A batinai csata gyűjteményét 2017–ben a felújított Batinai Csata Emlékmúzeumban önálló gyűjteménybe elkülönítették.
A Duna–menti Svábok gyűjteménye a Történelmi osztályon belül 2019–ben alakult meg, majd 2020–ban önálló gyűjteményként elkülönítették a Városi Múzeum melléképületét képező Duna–menti Svábok Múzeumban.